大部分「滅活流感疫苗」適用於 6 個月或以上人士，包括孕婦、健康人士和有長期健康問題人士。不過，對曾接種的「滅活流感疫苗」或其他疫苗成分 (如新霉素或多粘菌素)有過敏反應的人士，都不宜接種「滅活流感疫苗」。對雞蛋有輕度過敏的人士，可於基層醫療接種「滅活流感疫苗」，而確診或懷疑對雞蛋有嚴重過敏反應的人士，應先由過敏學或免疫學專科醫生就雞蛋敏感進行評估，並因應臨床需要，由這些專家負責接種「滅活流感疫苗」。至於出血病症患者或服用薄血藥的人士，可採用深層皮下注射的方法接種疫苗。如接種當天因病發燒，可延遲至病癒後再接種。在接種流感疫苗後六個星期內曾出現「吉-巴氏綜合症」的人士，在接種前應先向醫生查詢。
接種「滅活流感疫苗」後，除可能在注射部位出現輕微腫痛外，一般並無其他副作用。部分人士可能在接種疫苗後 6 – 12 小時內出現發燒、肌肉和關節疼痛，疲倦等症狀，但這些症狀通常會在兩天內減退。若出現持續發燒或不適，應向醫生查詢。如出現風疹塊、口舌腫脹或呼吸困難等較為罕見的嚴重過敏反應，患者必須立即求診。
一些罕見但嚴重的不良情況，也可能在接種疫苗後出現，如「吉-巴氏綜合症」（ 100 萬個接種疫苗人士中有 1 至 2 宗個案）、腦膜炎或腦病變（每分發 300 萬劑疫苗中有 1 宗個案），和嚴重過敏反應（每分發 1,000 萬劑疫苗中有 9 宗個案）。不過，接種流感疫苗和這些不良情況未必一定有因果關係。
